Na década de 1950 o Governo do Estado de São Paulo criou um projeto de descentralização dos equipamentos culturais através de museus pedagógicos. A iniciativa tinha como objetivo a preservação da memória local e regional do interior de São Paulo. Assim foi criado o Museu Morgado de Mateus.
Desde sua lei de criação em 1956 o museu era apenas um projeto que tornou-se realidade no dia primeiro de agosto de mil novecentos e setenta e nove, com sua primeira sede no prédio da antiga estação de tratamento de água.
Diante das novas diretrizes da museologia, historiadores e memorialistas identificaram que o acervo do museu não possuía em sua totalidade ligações com a história e a memória do município de Bauru tampouco a história do patrono do museu Morgado de Mateus possuía ligações e relações com a história do município. Surge então uma forte demanda por um museu específico sobre a história do município de Bauru.
Um projeto criado pela Lei nº 870 de 18 de novembro de 1970 dava diretrizes para a criação de um museu histórico municipal, assim em 28 de dezembro de 1988 foi criado o Museu Histórico Municipal de Bauru. Desde então, o Museu Histórico Municipal ocupou diversas sedes. Sempre buscando espaços mais amplos e adequados para os cuidados com o acervo e o atendimento ao público.
Em 1997 o acervo do Museu Morgado de Mateus foi municipalizado e passou a integrar o acervo do Museu Histórico Municipal. No ano de 2012 o museu passou a ocupar o antigo complexo ferroviário da Companhia Paulista. E em 2018 foi contemplado com o projeto de restauro e acessibilidade pelo edital de fundos de interesses difusos da Secretaria de Justiça e Cidadania do Governo do Estado de São Paulo
Atualmente o prédio do museu aguarda o processo de atualização para a licitação do projeto de intervenção, com atividades internas de conservação preventiva em seu acervo, composto por importantes documentos históricos tridimensionais, audiovisual e fotografias.
Em breve a comunidade de Bauru ganhará mais um amplo espaço cultural. Um espaço de preservação e difusão da memória bauruense.