A prestação de contas é realizada por meio do Demonstrativo Sintético Anual da Execução Físico-Financeira. A secretaria de Educação do estado ou município deve enviar a prestação de contas ao Conselho de Alimentação Escolar até 15 de fevereiro do ano subsequente ao do recebimento. Depois de avaliar a documentação, o CAE elabora parecer e o remete, junto com a prestação de contas e todos os comprovantes de despesas, para o FNDE até 31 de março.
Caso o CAE não aprove as contas, o FNDE avalia os documentos apresentados e, se concordar com o parecer do Conselho, inicia uma Tomada de Contas Especial e o repasse é suspenso. Estas duas últimas medidas também são adotadas no caso de não apresentação da prestação de contas.
Ocorrendo a suspensão dos recursos do PNAE em função da falta de prestação de contas, de irregularidades na execução do programa ou da inexistência do Conselho de Alimentação Escolar, o FNDE está autorizado a repassar os recursos equivalentes diretamente às unidades executoras das escolas de educação básica, pelo prazo de 180 dias. Segundo a Lei nº 11.947, de 16/6/2009, esse recurso deve ser usado apenas para a alimentação escolar, dispensando-se o procedimento licitatório para aquisição emergencial dos gêneros alimentícios, mantidas as demais regras estabelecidas para execução do PNAE, inclusive quanto à prestação de contas.
Fiscalização
Cabe ao FNDE e ao Conselho de Alimentação Escolar (CAE) fiscalizar a execução do programa, sem prejuízo da atuação dos demais órgãos de controle interno e externo, ou seja, do Tribunal de Contas da União (TCU), da Secretaria Federal de Controle Interno (SFCI) e do Ministério Público. Qualquer pessoa física ou jurídica pode denunciar irregularidades a um desses órgãos.