FNDE - É responsável pela assistência financeira em caráter complementar, normatização, coordenação, acompanhamento, monitoramento e fiscalização da execução do programa, além da avaliação da sua efetividade e eficácia.
Entidades executoras (EE) - Secretarias de Educação dos estados e do Distrito Federal, prefeituras municipais e escolas federais, que são responsáveis pelo recebimento, pela execução e pela prestação de contas dos recursos financeiros transferidos pelo FNDE.
Secretarias de Educação dos estados e do Distrito Federal - Atendem as escolas públicas estaduais e do Distrito Federal, respectivamente.
Prefeituras municipais - Atendem as escolas públicas municipais, as mantidas por entidades filantrópicas e as da rede estadual, quando expressamente delegadas pelas secretarias estaduais de Educação.
Escolas federais - Quando optam por receber diretamente os recursos, que podem ser incluídos no repasse destinado às prefeituras das respectivas cidades.
Conselho de Alimentação Escolar (CAE) - Colegiado deliberativo e autônomo composto por representantes do Executivo, do Legislativo e da sociedade, professores e pais de alunos, com mandato de quatro anos, podendo ser reconduzidos conforme indicação dos seus respectivos segmentos. O principal objetivo do CAE é fiscalizar a aplicação dos recursos transferidos e zelar pela qualidade dos produtos, desde a compra até a distribuição nas escolas, prestando sempre atenção às boas práticas sanitárias e de higiene.
Tribunal de Contas da União e Secretaria Federal de Controle Interno - São órgãos fiscalizadores.
Secretarias de Saúde dos estados, do Distrito Federal e dos municípios ou órgãos similares - Responsáveis pela inspeção sanitária dos alimentos.
Ministério Público da União - Responsável pela apuração de denúncias, em parceria com o FNDE.
Conselho Federal de Nutricionistas - Responsável pela fiscalização do exercício da profissão, reforçando a importância da atuação do profissional na área da alimentação escolar.